Lara und Jonah finden sich zu Anfang des Spiels in Mexico wieder. Sie beschatten einen Dr. Dominguez, der zwar einiges Gutes für die Stadt getan hat, in der sie sich gerade befinden, doch zusammen mit Trinity wohl nichts Gutes im Schilde führt. Es dauert nicht lange und Lara erkundet den ersten Tempel auf der Suche…