Lara und Jonah finden sich zu Anfang des Spiels in Mexico wieder. Sie beschatten einen Dr. Dominguez, der zwar einiges Gutes für die Stadt getan hat, in der sie sich gerade befinden, doch zusammen mit Trinity wohl nichts Gutes im Schilde führt. Es dauert nicht lange und Lara erkundet den ersten Tempel auf der Suche nach dem nächsten Artefakt. Gefunden ist es schnell und auch deutlich welche verheerende Folgen es in den falschen Händen haben könnte. So entschließt sie sich es mitzunehmen und löst so eine Welle an Katastrophen aus. Diese lassen sich nur mit dem Gegenstück des Artefaktes stoppen oder die Welt kann, nach der Zerstörung, neu erschaffen werden. Mit einer zerstörten mexikanischen Kleinstadt und einem Flugzeugabsturz krachen wir also wortwörtlich in das neuste Abenteuer von Lara Croft.